Der Verein Kloster Kappel (VKK) besteht seit 1916. Er pflegt und hütet die Klosterdomäne als einzigartigen Ort und kulturelles Erbe von nationaler Bedeutung. Ziel ist es, das Kloster Kappel mit seiner über 800-jährigen Geschichte auch für künftige Generationen zu erhalten und zeitgemäss weiterzuentwickeln. Der Verein stellt der Evangelisch-reformierten Landeskirche Räumlichkeiten zur Verfügung, die sie zur Erfüllung ihrer Aufgabe benötigt.
Die Klosterkirche gehört dem Staat, das Pfarrhaus der Reformierten Kirchgemeinde Kappel und die Viehställe der Pächterfamilie im Baurecht. Alle übrigen Liegenschaften der Klosterdomäne sowie die 56 Hektaren Land und Wald sind Eigentum des Vereins Kloster Kappel. Mitglieder des VKK sind die 13 evangelisch-reformierten Kirchgemeinden des Bezirkes Affoltern und seit 1967 die Evangelisch-reformierte Landeskirche des Kantons Zürich.
Der VKK verfolgt ausschliesslich ideelle Zielsetzungen. Er ist nicht gewinnorientiert. Die erarbeiteten Mittel werden vollumfänglich in den Unterhalt der ihm anvertrauten Liegenschaften investiert. Die Vereinsorgane arbeiten weitestgehend ehrenamtlich, weshalb die Verwaltungskosten sehr gering ausfallen. Aus diesen Gründen ist der VKK steuerbefreit.
Die Vereinsorgane sind:
- die Kappelerpflege (= Vereinsversammlung), welche sich aus je zwei Delegierten der Kirchgemeinden und der Landeskirche, damit aus insgesamt 28 Personen, zusammensetzt;
- der aus sieben Personen bestehende Vorstand;
- die Revisionsstelle, deren Aufgabe durch zwei Personen wahrgenommen wird.